Το 1946 εξελέγη για τέταρτη φορά βουλευτής Καστοριάς - Φλώρινας. Διετέλεσε υφυπουργός-γενικός διοικητής Δυτικής Μακεδονίας (1946-1947) κατά τα χρόνια του εμφυλίου πολέμου (υφυπουργός Γενικός Διοικητής Δυτικής Μακεδονίας στις κυβερνήσεις Τσαλδάρη, τον Απρίλιο του 1946 και τον Οκτώβριο του ίδιου έτους καθώς και στην κυβέρνηση Μαξίμου το 1947).

Το 1946, ως Γενικός Διοικητής Δυτικής Μακεδονίας προσπάθησε να τονώσει με διάφορες ενέργειες το ηθικό και το εθνικό φρόνημα του ντόπιου πληθυσμού. Μια τέτοια ενέργεια ήταν η θέσπιση Δυτικομακεδονικών Αγώνων στη μνήμη του Παύλου Μελά. Ταυτόχρονα καυτηρίαζε τη δράση εντός των συνόρων Σλαβομακεδόνων ανταρτών που είχαν ως ορμητήριο την Γιουγκοσλαβία και εκδήλωναν αυτονομιστικές τάσεις αλλά και την τάση μερίδας πολιτικών παραγόντων που ζητούσε μαζικές διώξεις κατά όλων ανεξαιρέτως των σλαβόφωνων της Μακεδονίας.

Παράλληλα υπήρξε ο πρώτος Έλληνας πολιτικός που κατήγγειλε τον Τίτο και την Γιουγκοσλαβία για την άμεση ανάμιξη της γειτονικής χώρας στον ελληνικό εμφύλιο πόλεμο με απώτερο σκοπό την απόσπαση εδαφών του ελληνικού τμήματος της Μακεδονίας. Τότε ο Τίτο διαμαρτυρήθηκε στον ΟΗΕ και ανακάλεσε τον πρεσβευτή του στην Ελλάδα, ο δε Αναστάσιος Νταλίπης υπέβαλε την παραίτηση του για να διευκολύνει την ελληνική κυβέρνηση. Η παραίτησή του Νταλίπη δεν έγινε δεκτή και ακολούθως η χώρα προσέφυγε στον ΟΗΕ εναντίον της Γιουγκοσλαβίας.

Κατά τον Απρίλιο του 1947, με την ιδιότητα του βουλευτή, ταξίδεψε με δικά του έξοδα στις Ηνωμένες Πολιτείες Αμερικής και στον Καναδά, όπου με ομιλίες στις ελληνικές κοινότητες προσπάθησε να αντικρούσει τα επιχειρήματα της βουλγαρικής και σλαβομακεδονικής προπαγάνδας, οι οποίες από εκείνη την εποχή βρίσκονταν σε έξαρση στις ανωτέρω χώρες. Αποτέλεσμα του ταξιδιού αυτού υπήρξε και η ένωση όλων των μακεδονικών σωματείων υπό την σκέπη της Παμμακεδονικής.

Επάνοδος Στο Στράτευμα     Πολιτικό Έντυπο Υλικό    Θάνατος Αναστάσιου Νταλίπη